PLC的內部固化了一套系統軟件，使得你開始能夠進行初始化工作和對硬件的組態。PLC的啟動設置、看門狗、中斷設置、通訊設置、I/O模塊地址識別都是在PLC的系統軟件中進行的。

       每種PLC都有各自的編程軟件作為應用程序的編程工具，常用的編程語言是梯形圖語言，也有ST、IL和其它的語言。如何使用編程語言進行編程，這里就不細述了。

    但是，用一種編程語言編出十分優化的程序，則是工程師編程水平的體現。每一種PLC的編程語言都有自己的特色，指令的設計與編排思路都不一樣。如果對一種PLC的指令十分熟悉，就可以編出十分簡潔、優美、流暢的程序。例如，對于同樣的一款PLC的同樣一個程序的設計，如果編程工程師對指令不熟悉，編程技巧也差的話，需要1000條語句；但一個編程技巧高超的工程師，可能只需要200條語句就可以實現同樣的功能。程序的簡潔不僅可以節約內存，出錯的概率也會小很多，程序的執行速度也快很多，而且，今后對程序進行修改和升級也容易很多。

    所以，雖然說所有的PLC的梯形圖邏輯都大同小異，一個工程師只要熟悉了一種PLC的編程，再學習第二個品牌的PLC就可以很快上手。但是，工程師在使用一個新的PLC的時候，還是應該仔細將新的PLC的編程手冊認真看一遍，看看指令的特別之處，尤其是自己可能要用到的指令，并考慮如何利用這些特別的方式來優化自己的程序。

    各個PLC的編程語言的指令設計、界面設計都不一樣，不存在孰優孰劣的問題，主要是風格不同。我們不能武斷地說三菱PLC的編程語言不如西門子的STEP7，也不能說STEP7比ROCKWELL的RSLOGIX要好，所謂的好與不好，大部分是工程師形成的編程習慣與編程語言的設計風格是否適用的問題。

    現場常常需要對已經編好的程序進行修改。修改的原因可能是用戶的需求變更了，可能是發現了原來編程時的錯誤，或者是PLC運行時發生了電源中斷，有些狀態數據會丟失，如非保持的定時器會復位，輸入映射區會刷新，輸出映射區可能會清零，但狀態文件的所有組態數據和偶然的事件如計數器的累計值會被保存。

    工程師在這個時候可能會需要對PLC進行編程，使某些內存可以恢復到缺省的狀態。在程序不需要修改的時候，可以設計應用默認途徑來重新啟動，或者利用*掃描位的功能。

    所有的智能I/O模塊，包括模擬量I/O模塊，在進入編程模式后或者電源中斷后，都會丟失其組態數據，用戶程序必須確認每次重新進入運行模式時，組態數據能夠被重新寫入智能I/O模塊。

    在現場修改已經運行時常被忽略的一個問題是，工程師忘記將PLC切換到編程模式，雖然這個錯誤不難發現，但工程師在疏忽時，往往會誤以為PLC發生了故障，因此耽誤了許多時間。

    另外，在PLC進行程序下載時，許多PLC是不允許進行電源中斷的，因為這時，舊的程序已經部分被改寫，但新的程序又沒有*寫完，因此，如果電源中斷，會造成PLC無法運行，這時，可能需要對PLC的底層軟件進行重新裝入，而許多廠家是不允許在現場進行這個操作的。大部分新的PLC已經將用戶程序與PLC的系統程序分開了，可以避免這個問題。