純水系統調試前應該仔細檢查原水進水閥、沖洗排放閥、濃水排放閥、純水閥、RO高壓泵進出水口等是否開啟到位，注意剛剛開始調試的時候進水閥和濃水排放閥達到半開狀態后慢慢調節，純水和廢水的流量。一般單級反滲透純水和廢水比例應該在1:2，二級反滲透的話在2：3。注意此時一定要同時觀察膜的脫鹽率至少要在98%以上。同時以后系統運行中要注意保安過濾器的壓力表數值，一旦壓力升高0.5kg/cm2以上，就必須更換濾芯。這樣對系統具有很強的保護性。

實驗室超純水機反滲透超純水系統分為手動控制和全自動控制，由于一些客戶經費或者觀念上面的影響，客戶選配了手動控制的超純水系統。全自動控制的超純水系統是不需要去手動按鈕控制設備的運行的，控制和運行起來很方便。但是手動控制的超純水系統，也可以理解為半自動控制的系統，它們需要定期的手動維護設備。進水箱部分和純水箱部分通過浮標來控制設備的原水泵、反滲透增壓泵、純水泵的啟停，不過系統電路控制上面也會有控制它們啟停的額外按鈕，需要手動開啟它們，不過運行后就可通過浮標的上浮或者下沉來控制。

 實驗室超純水機反滲透超純水系統可以有效的去除原水中的一些雜質，得到幾乎不含任何雜質的超純水。但是某一些客戶對超純水中的某些離子含量要求比較苛刻，要達到ppb級別。嶄新的超純水系統在前期運行的一段時間內是可以達到要求的，但是隨著耗材的不斷消耗，制出的超純水水質會略有下降，但是超純水中的某些離子含量可能會稍微上升，這時候用離子色譜儀可以真正的檢測出。但是因為超純水的探頭是測試綜合產水數據的儀表會暫時不檢出，只有當離子含量超過一定的聚集量才會有顯示水質下降。