傳遞窗的工作原理主要有以下幾種類型：

普通傳遞窗

機械互鎖原理：通過機械結構實現兩門的互鎖，當一扇門打開時，另一扇門的鎖具會被機械裝置鎖住，無法打開，只有當這扇門關閉后，另一扇門才能開啟，從而保證兩側空間不會直接連通，防止交叉污染.

氣密保護原理：傳遞窗的門與箱體之間安裝有密封條，能夠有效密封，確保傳遞窗關閉時的氣密性，防止外部未經過濾的空氣進入潔凈區.

風淋式傳遞窗

空氣凈化與吹淋原理：在傳遞物料時，頂部的風機將經過高效過濾器過濾后的潔凈空氣吹出，形成高速氣流，對放入傳遞窗內的貨物表面進行吹淋，吹除貨物表面的塵粒，使物品在進入潔凈區前得到初步凈化，防止物品可能攜帶的塵埃等污染物進入潔凈室.

氣閘保護原理：風淋式傳遞窗在工作時，兩側門可以根據實際情況選擇打開或關閉，但由于有潔凈氣流的存在，其起到了氣閘的作用，即使外側門打開，潔凈氣流也能阻止室外的非潔凈空氣進入室內，保證潔凈室的潔凈度.

自凈式傳遞窗

空氣循環凈化原理：空氣經粗效過濾后，由低噪音離心風機壓入靜壓箱，再經高效過濾器均壓以后，以均勻的風速通過工作區，形成高潔凈度的工作環境，使傳遞窗內的空氣不斷循環凈化，保持內部空氣的潔凈度，有效去除空氣中的塵埃顆粒、細菌等污染物，從而對放入的物品進行持續凈化.

聯鎖及殺菌原理：同樣采用機械互鎖或電子互鎖裝置，確保兩門不能同時打開，防止交叉污染 。并且，有的自凈式傳遞窗還配備紫外線殺菌燈，當門關閉時可自動開啟，對傳遞窗內部空間及物品表面進行殺菌消毒，進一步提高傳遞物品的潔凈度