微波殺菌是微波直接與物質相互作用并將高頻電磁波轉換成熱能的過程。微波去菌是微波熱效應和生物效應的結果。微波在細菌膜橫截面上的電勢分布會影響細胞膜周圍電子和離子的濃度，從而改變細胞膜的滲透性。結果，細菌被營養不良，不能正常代謝，并且其生長和發育受到阻礙。從生物化學的角度來看，細菌正常生長和繁殖的核酸（RNA）和脫氧核糖核酸（DNA）是由幾個氫鍵組成的卷曲大分子。微波引起氫鍵的松弛，斷裂和重組，從而引起遺傳或染色體畸變，甚至斷裂。微波殺菌利用電磁場效應和生物效應殺死微生物。事實證明，微波設備在殺菌溫度，殺菌時間，產品質量保持，產品保質期和節能方面具有明顯的優勢。

       在相同的去菌溫度下，微波去菌所需的時間較短，在相同的去菌條件下，細菌死亡的溫度較低。同時，可以對被去菌物料進行整體去菌，縮短去菌周期，確保去菌過程的一致性和物料的均勻性。

       微波殺菌設備體積小，占地面積小，操作維護方便，不需煤，氣等燃料，無需復雜的管道系統，適用于大多數行業。